Le district des îles Amsterdam et Saint Paul abritait les écosystèmes les plus originaux avec une faune subantarctique dans des eaux subtropicales. Sur l'île Saint-Paul,

ces dégradations ont surtout été causées par l'introduction de rats et de lapins, qui ont proliféré grâce à la végétation abondante et à l'absence de prédateurs et de compétiteurs. La restauration des populations d'oiseaux, principalement le prion de Macgillivray, et des milieux dégradés nécessitait l'éradication totale de ces mammifères introduits.

Le Territoire s'est intéressé dès 1993 au projet de réhabilitation écologique de l' île Saint-Paul et en est devenu le maître d'œuvre, le financement étant assuré en partie par le Fonds européen de développement et le suivi scientifique des populations d'oiseaux par le centre d'études biologiques de Chizé.

Se fondant sur les éradications effectuées par les Néo-Zélandais dans des îles de taille plus réduite, l'opération, sans équivalent à ce jour ni en métropole ni outre-mer, a débuté à Saint-Paul (8 km2) en janvier 1997. Un hélicoptère a répandu 14 tonnes d'appâts empoisonnés. Ensuite, une équipe de cinq personnes, accompagnée de deux chiens, est restée trois mois sur place pour vérifier les résultats de l'éradication et la compléter par des moyens terrestres.

Au départ de l'équipe en avril 1997, les rats semblaient avoir disparu et seulement quelques lapins subsistaient. Le succès de l'opération a été vérifié en 1998 et au début de 1999. Les premiers retours de pétrels noirs ont été observés sur l'île, laissant augurer de la réussite du projet, mais la reproduction de ces oiseaux est lente et la recolonisation de l'île demandera du temps.