Le développement de la pêche illégale de légine dans les eaux subantarctiques et ses conséquences sur l'environnement est actuellement le principal sujet de préoccupation de la CCAMLR, qui a tenu sa dernière session à Hobart en octobre 1998. Cette question a été également au centre des discussions de la conférence ministérielle des Etats "Parties Consultatives " au Traité sur l'Antarctique, qui s'est réunie en janvier 1999 sur la base néo-zélandaise Scott en Antarctique. Depuis plusieurs années, la France est confrontée, dans sa zone économique des Terres australes, à ce pillage qui se fait au mépris de toutes les règles de conservation des stocks de poissons et de toutes les mesures visant à protéger les oiseaux marins.

À côté des actions de police en mer et des sévères sanctions qui frappent les contrevenants, la France s'est dotée d'un dispositif très rigoureux pour réglementer la pêche autorisée (6 bateaux) dans les eaux de Kerguelen, Crozet, Saint-Paul et Amsterdam. Le Territoire a fait le pari d'une exploitation écologique de ses zones économiques. Il a mis en place, avec l'aide du Muséum national d'histoire naturelle qui mène un programme de suivi scientifique des stocks, des mesures strictes de protection, tant pour exploiter de manière rationnelle la ressource halieutique que pour protéger les oiseaux marins : les prises de légines doivent respecter une taille minimale pour protéger les poissons juvéniles; le palangriers ne peuvent pêcher sur de fonds inférieurs à 500 m; ils doivent utiliser des lignes de banderoles, afin d'éloigner le oiseaux des hameçons, et poser leu palangres de nuit, pour limiter l'attraction des lignes vis-à-vis des albatros; les rejet d'usine et des captures accessoires sont limités au maximum.

Pour vérifier l'application de toutes ce mesures, qui sont également préconisée par la CCAMLR, la France a établi dé 1978 un système de contrôle consistant embarquer sur chaque navire autorisé pêcher, un " contrôleur-observateur scientifique". Ce système, pionnier à l'époque est aujourd'hui repris par la CCAMLR, qu'adopte chaque année des mesures de conservation pour l'exploitation et la protection des espèces marines.